この場合の走塁義務は、ありません。
三塁走者にも、ボールデッドの段階で三塁から2個の安全進塁権（すなわち本塁まで）が
与えられますから、
「ボールデッド・テイクツー、スコア」
となって、三塁走者の得点が認められます。
得点が認められたところで試合終了です(4.11c)から、それ以上の走塁の必要はなくなります。
走塁放棄云々はそもそも問われません。
（ただし、サヨナラ本塁打によって与えられた安全進塁権のときを除く）

ただし、外野手がボールに触れるまで走者がどのようにプレイしていたかだけは
審判員は当然見ていなくてはいけません。正規にリタッチを果たしたか否か。
これは三塁走者だけに限った話ではありませんね。

もしも三塁走者のタッグアップが早かったとします。
もちろん球審は「スコア」を宣告します。
（タッグアップがリーガルであったか否かはスコアの宣告とは関係がありません）

しかしアピールがあり、これによって三塁走者にアウトが宣告されたとき、
得点は取り消されますから、競技は続行です。
他の2走者は正規に安全進塁権を行使し、進塁しなければいけません。
（権利なのに義務なんですよね、へんなの！）
このとき、走者が整列のために塁を離れて本塁付近に来ていたとしたら、
整列行為は自然な流れです（だと思います）から、
球審は得点の取り消し、試合続行とする旨を伝えて、
走者には正規の走塁をするように促し、
必要なら改めて1・2塁走者に「テイクツー」と宣告するのではないでしょうか。

そしてこのときに、走者が正しくリタッチを行っていたかどうかがポイントになります。
ボールインプレイ中でも、テイクツーの宣告後でも、
とにかく一度でも正しくリタッチを行っていれば、それ以降の走塁は正規のものです。
しかし、結局一度も正規のリタッチがなかった場合は、この走者もアピールプレイの対象です。

〔ツリー構成〕

【1001】 アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/9(日)17:46 泉竜一

┣【1002】 re(1):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/10(月)00:03 SPコーチ

┣【1005】 re(2):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/10(月)20:19 泉竜一

┣【1003】 re(1):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/10(月)00:16 審判ではないです

┣【1006】 re(2):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/10(月)20:56 泉竜一

┣【1010】 re(3):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/11(火)18:31 審判ではないです

┣【1015】 re(4):「タイム、ボールデッド、テイクツー」 2007/9/11(火)21:59 泉竜一

┣【1018】 サヨナラの後は独特の雰囲気 2007/9/12(水)01:28 審判ではないです

┣【1016】 横槍 2007/9/11(火)22:45 外野席

┣【1017】 re(1):横槍 2007/9/11(火)23:25 SPコーチ

┣【1004】 re(1):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/10(月)01:03 鬼ごっこ

┣【1007】 re(2):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/10(月)21:46 泉竜一

┣【1011】 re(3):7.10(b)付記(2)の注四 2007/9/11(火)18:37 鬼ごっこ

┣【1012】 re(4):7.10(b)付記(2)の注四 2007/9/11(火)21:06 泉竜一

┣【1013】 re(5):7.10(b)付記(2)の注四 2007/9/11(火)21:43 SPコーチ

┣【1019】 re(6):7.10(b)付記(2)の注四 2007/9/12(水)01:44 鬼ごっこ

┣【1046】 re(7):7.10(b)付記(2)の注四 2007/9/13(木)22:19 SPコーチ

┣【1055】 re(8):走塁放棄の裁定 2007/9/15(土)18:29 鬼ごっこ

┣【1008】 re(1):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/11(火)15:10 宗二郎

┣【1009】 re(2):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/11(火)16:59 泉竜一

┣【1014】 re(3):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/11(火)21:55 SPコーチ

┣【1023】 re(4):アピールプレイです。…が・・・ 2007/9/12(水)12:09 宗二郎

┣【1030】 いろいろ沢山のご意見をいただきました。 2007/9/12(水)20:02 泉竜一

┣【1037】 完全に遅いとは思いますが、お返事を・・・ 2007/9/13(木)16:24 沼

┣【1045】 re(1):完全に遅いとは思いますが、お返事を・・・ 2007/9/13(木)22:12 泉竜一

┣【1047】 難しく考えすぎではないですか？ 2007/9/13(木)23:01 沼

┣【1048】 現場を見た人は居ないのでは？ 2007/9/13(木)23:52 SPコーチ

┣【1049】 同意見ですが、一つ確認 2007/9/14(金)01:29 審判ではないです

┣【1050】 走塁放棄は？　！？！。 2007/9/14(金)05:58 泉竜一

┣【1052】 決勝点が入るときの安全進塁権は・・・ 2007/9/14(金)19:45 沼 ≪

┣【1053】 re(1):決勝点が入るときの安全進塁権は・・・ 2007/9/15(土)01:30 審判ではないです

┣【1058】 結論にいたりました。 2007/9/16(日)09:18 泉竜一

┣【1063】 re(1):結論にいたりました。 2007/9/16(日)23:06 審判ではないです

┣【1064】 re(1):結論にいたりました。 2007/9/16(日)23:55 SPコーチ

┣【1100】 re(2):結論.。感謝。 2007/9/26(水)14:34 泉竜一