状況の説明が足らなかったようなので付け加えさせていただきます

1　本部とは公式記録員のことです
2　A君は大会メンバーには登録されています
3　メンバー表にはA君以外の控え選手は記載されていました

質問の事例で球審・本部に間違いがあったことは理解できました
では球審・本部はどのようにするべきだったのでしょうか？
　
　次打者への第1球が投じられ守備側のアピール権が消滅した時点で本来の打者（A君と交代になった）かメンバー表に記載されている選手に交代させる
　四球は本来の打者の記録となる

で正しいでしょうか？大会登録メンバーであってもメンバー表へ記載されていない選手は試合に出場できないと考えてください


ここで新たな疑問なのですが攻撃側チーム・守備側チームはどうすればよかったのでしょうか？

私の考えは以下の通りです
　攻撃側チームは相手のアピール権が消滅した時点で球審に説明し　本来の打者かA君に代わる正規の控え選手を代走に出す（A君の打席の途中に気づ
　いた場合はどうすればいいのかわかりません）
　守備側チームはA君の打席が完了した時点でアピールをする（この場合A君の打席の途中にアピールした場合はどうなるのでしょうか？）

〔ツリー構成〕

【1868】 選手交代時に 2006/8/28(月)17:38 監督2年目

┣【1869】 re(1):選手交代時に 2006/8/28(月)21:26 hamtt

┣【1871】 re(2):選手交代時に 2006/8/28(月)22:26 SPコーチ

┣【1872】 re(2):選手交代時に 2006/8/28(月)22:37 沼

┣【1873】 re(3):選手交代時に 2006/8/28(月)23:52 フルコーチ ≪

┣【1876】 削除

┣【1874】 すみません、訂正させてください。 2006/8/29(火)10:00 沼

┣【1877】 re(1):すみません、訂正させてください。 2006/8/29(火)16:08 監督２年目

┣【1879】 re(2):すみません、訂正させてください。 2006/8/29(火)21:29 SPコーチ

┣【1881】 そうなんですよね。 2006/8/30(水)10:19 沼

┣【1882】 納得しました 2006/8/30(水)13:35 監督2年目