監督2年目さん、連盟への問い合わせお疲れ様でした。
釈然としませんでしょうが、連盟なりの対応なのでしょう。

この位置でのレスで適当なのかどうなのか微妙なところですが、
公式記録員に関する規定を読み直していて次のような条文を見つけました。

10.01 公式記録員
(b)(2)　三人アウトになっていないのに攻守交替が行われた場合には、
　　　　記録員はただちにその誤りを審判員に知らせなければならない。
【注】　本項(5)に記載されているように、助言をしてはならないときを除いて、
　　　　ボールカウントが２−３のときに球審が四球と思って打者に一塁を許した場合とか、
　　　　変わることが許されていない投手に代わって他のプレーヤーが出場しようとした
　　　　場合などには、記録員は審判員に助言を与える。

というわけで、記録員が審判員に助言を与えることはできるようです、失礼しました！！
「メンバー登録されていませんよ」と公式記録員が審判員に伝えることはできます。
A君をアウトにしてしまった点には疑問は残りますが、
A君に変わって別の選手を出させるように伝えるなど、
記録員からの何らかの助言は可能ということです。私も勉強になりました。（＾＾）

〔ツリー構成〕

【1875】 別質問　メンバー表にない選手（但し、登録選手） 2006/8/29(火)10:18 フルコーチ

┣【1878】 re(1):別質問　メンバー表にない選手（但し、登録選手） 2006/8/29(火)16:33 監督２年目 ≪

┣【1880】 re(2):別質問　メンバー表にない選手（但し、登録選手） 2006/8/30(水)10:02 フルコーチ

┣【1883】 結局　連盟のルールに・・・ 2006/8/30(水)13:45 監督2年目

┣【1895】 連盟に確認しました 2006/9/4(月)14:39 監督2年目

┣【1898】 公式記録員の対応としてはこれが参考になるかも？ 2006/9/4(月)19:08 沼