タイムプレイではありませんが似たようなアドバイスを聞いたことがあります。
他の審判が主審を担当し、私はネット裏で観戦していた時です。
野手から本塁に向かって、送球され、タッグプレーが生じたわけでもないのに
走者が本塁に到達すると、その主審はセーフのアクションをしています。
それを見ていた、審判部長がおっしゃるには
「もし走者が空過したらセーフのジャッジはできない」
「タッグが生じていないときまでセーフのアクションをすると守備側に
セーフのアクションが無いときは、何かあったとわからせてしまうことになる」
とおっしゃるのです。

きわどいタイミングのときやタッグプレーが生じたときは、セーフ・アウトの
コールとアクションは当然ですが、それ以外の時はだまって走者の触塁を確認するのみ
というように私は気をつけるようになりました。

久間さんの質問は、この場合と異なる事例ですが、審判のアクションで「何かをわからせてしまう」
ということを第一に避けるべきだと思います。
一方では、「１点」の明示をすることによって守備側に「触塁した」との誤解を与えるのではないか
というご心配もわかります。
しかし、
「空過」はあくまでもアピールプレーであること。
「アピールのためには守備側が自主的に走者の触塁を確認しなければならないこと」
「空過のアピールがなければ正規の走塁とみなされること」
と考えれば、審判としては正規の走塁があったと同様のジャッジが、まず必要であると
いえるのではないでしょうか？
たいして参考になるとも思えませんが、ある記憶が蘇りましたので・・・

〔ツリー構成〕

【143】 本塁を空過しても「１点」を明示していいですか 2002/3/27(水)08:35 久間(くま)

┣【144】 re(1):本塁を空過しても「１点」を明示していいですか 2002/3/27(水)11:21 新米審判

┣【145】 アピールプレイの有無に関係なく明示が必要でした 2002/3/27(水)12:52 久間(くま)

┣【184】 私達の場合 2002/4/5(金)18:06 三流審判

┣【186】 空過が無くとも「１点」明示は待ちますか 2002/4/6(土)03:13 久間(くま)

┣【187】 削除

┣【188】 本塁に正しく触れた場合 2002/4/6(土)16:44 三流審判 ≪

┣【191】 常にファウルラインを越えたときでいいのですね 2002/4/6(土)20:24 久間(くま)

┣【192】 ひつ礼致しました 2002/4/7(日)09:36 三流審判

┣【194】 わかりました　参考にさせていただきます 2002/4/7(日)17:11 久間(くま)