＞食べも物のカスが歯肉に入り安い状態だったのではないかと思います。

食後は口腔内は最も微生物の活性が弱く、ほとんど無菌的な状態になります。又、食後すぐには、プラークも存在しませんが、食べ残しや飲みのこしが口腔内に存在すると、口腔内の微生物環境は悪化していきます。口腔内は、食事によってｐHの低下が起こるからです。
したがって飲食後の口腔内ケアーのポイントはプラークの除去ではなく、飲食物残渣を徹底的に取り除き、中和能力(緩衝能力)の高い唾液を確保することが重要です。口の中の　ｐH　は、口臭発生のメカニズム上、非常に大きな条件になります。

口の中が、酸性に傾くと微生物の活性が高くなり、口臭が発生しやすくなります。

このように、口の中のｐH　の安定は、口腔衛生的見地からも重要で、通常は、唾液によって自動的にコントロールされています。（唾液の緩衝作用と、恒常性維持機能）
つまり、安静時も新鮮な唾液によって　pH　はほぼ中性に保たれているのです。これが欠乏すると、口腔内衛生状態は急速に悪化して一般歯科的問題を引き起こしやすくなったり、口腔免疫力の低下を招きます。
また、口腔内の唾液の嫌気的状況は、直ちに口臭を招く事に成ります。

新鮮な唾液には、口の中の　ｐH　を安定させる緩衝作用があるからですが、この安静時唾液が精神不安やストレスにより欠乏すると、唾液による緩衝作用がうまく働かなくなり、口の中がすっぱくなっていき口臭が起こります。この時、口の中では微生物の活動も活発となり、虫歯や歯周病も進む事になります。

そのために、どのようにして飲食後は対応すればいいのかについては食事後の口臭の悩みに対する対応策と、口腔生理学的な考え方 を参照すると良いでしょう。

＞それで、歯茎のずっと深いところでわずかなトラブルが起こいるのではないかと思っているのですが、、実際そうだとしても、それはどこへ行っても発見不可能の様な気がしています。

おそらくほとんどの歯医者の歯磨き指導であれば、どこへいっても同じ結果でしょう。日本の歯磨き方法であれば、歯を磨きつつ知覚過敏になり、口は渇きやすくなり、口臭も起こりやすく虫歯になりやすい方法と思われます。
口腔生理が無視されていると思います。